Le 24 novembre 1940, Mgr Stepinac encourageait les chrétiens à refuser la lâcheté des théories modernes.
L'esprit du temps nie toute autorité selon lui, il n'y a pas de vérité qui dépasse l'esprit humain, il n'y a pas de vie d'outre-tombe. Il n y a pas de différence entre le bien et le mal, la vérité et le mensonge. De ce manque de foi provient la lutte acharnée contre l'Eglise catholique, la négation de l'autorité paternelle, les divorces, l'amour libre, le mépris du lviom de Dieu. D'où aussi, comme suite logique, des suicides irréfléchis que les fous acceptent comme actes de courage...
"L'ermite Antoine avait dit à ses disciples:"Le temps viendra où les gens deviendront fous; quand ils verront quelqu'un qui ne l'est pas, ils se mettront à crier: au fou! au fou! et cela seulement parce qu'il n'est pas fou comme eux." Il faut faire effort continuait l'Archevêque, pour ne pas devenir fragile comme les roseaux balancés par le vent, pour rester ferme et décidé, même s'il faut mourir pour la vérité. Rien sur la terre ne peut remplacer les magnifiques lois du Créateur. Le sacrement de mariage ne peut pas céder la place à l'amour libre. Il ne faut pas tomber à genoux devant les mensonges de l'esprit du temps présent qui, de toute manière; va passer comme l'herbe des champs dont parle l'Ecriture comme sont passées les guerres et les révolutions... et cela au moindre signe de Dieu, éternel vainqueur. Il est écrit: "Je suis le Seigneur et il n'y en a pas d'autre." Restons debout, nous dit la saine raison! Restons debout, proches de Dieu qui est Seigneur du présent, du passé et de l'avenir, qu'on veuille ou non y croire!"
La même année, lors du Congrès Eucharistique à Cazma, Mgr Stepinac parlait du mal qui s'installe et rend les gens faibles et lâches, adhérant à la foi selon les circonstances ou le profit. Ces lâches n'osent pas dire: oui ou non, quand il le faut, mais ils essaient "de danser sur les deux pieds", voulant avoir à la fois deux maîtres, Dieu et Satan. Mais Dieu s'en va et Satan finit par prendre possession de tout l'homme, comme a dit Saint Augustin.
Mgr Stepinac parla aussi dans ce sens aux catéchistes zagrebois au début de 1943, attirant leur attention sur l'importance d'un caractère bien trempé.
Lors d'une prédication pour la Fête du Christ Roi, le 26 octobre 1941, l'Archevêque s'éleva contre les sentiments de haine et de vengeance, qui ont pris racine dans la guerre.
"Il faut reconnaître le Christ non seulement quand il apprend à aimer ses parents, mais aussi quand il apprend à aimer ses ennemis, car on ne peut pas le partager, mais on doit le reconnaître tout entier: "qui n'est pas avec moi est contre moi." L'amour envers son prochain sans distinction, loin de toute passion de haine qui détruit le monde, est indispensable pour rester de vrais disciples du Christ."
En 1942, à la Saint-Pierre, Mgr Stepinac protestait aussi contre la pression exercée sur les orthodoxes pour passer au catholicisme: "Dieu no'us est témoin que nous sommes contre toute pression", disait-il. Par la même occasion, il protestait contre l'ordre du Gouvernement de ne plus publier de discours du Pape dans la presse, soi-disant parce que le Pape était contre le peuple croate. Mgr Stepinac défendait le Pape, qui n'y était d'ailleurs pour rien. Ces rumeurs injustifiées proveinant de différentes sources extérieures au pays.
Puis, disait Mgr Stepinac, un des fléaux de notre temps est le fait d'être double dans sa foi: on est catholique à l'église et, dans la rue, on attaque le catholicisme. On est ou on n'est pas catholique! Si on l'est, il faut que les convictions se voient dans toute la conduite et dans toute la vie.
Mgr Stepinac à Rome, ad limina
Le 26 mai 1943, l'Archevêque Stepinac se rendit à Rome pour la visite ad limina. A l'occasion de cette visite officielle, il y rencontra le sculpteur croate Ivan Mestrovic et lui confia qu'il apportait pour le Vatican, une importante documentation avec preuves à l'appui, des crimes nazis et fascistes dont on accusait, avec une arrière- pensée bien précise, les Croates et les Oustachis. Une copie en avait été remise à Myron Taylor, représentant de Roosevelt auprès du Saint- Siège.
- Pourquoi n'avez-vous pas envoyé ces documents par votre secrétaire? demanda le sculpteur.
- Je n'ai pas voulu le faire, répondit l'Archevêque, parce que je pense que si j'ai le droit de risquer ma propre vie, je ne peux pas risquer la tête des autres. Je suis sûr que je perdrais la vie, si les nazis me découvraient porteur de ce dossier.
La situation en ce temps-là était devenue intolérable dans le pays, en raison aussi des règlements de comptes sanglants entre Oustachis et Tchetniks qui avaient pour conséquence une haine toujours grandissante, toujours renouvelée entre les Croates et les Serbes. Pourtant, Mgr Stepinac disait à I. Mestrovic que bien des Serbes généreux n'étaient pas montés contre les Croates; il en avait des preuves.