Elevant la voix dans la lutte contre le racisme et le nazisme, il les attaqua sévèrement dans une prédication le 25 octobre 1942. Les fidèles vinrent ensuite le remercier d'avoir réussi à toucher le fond de leurs âmes en parlant de la sorte.
Le 31 octobre 1943, à la fin de la procession de pénitence, il s'éleva contre les atteintes à la morale, contre les attaques envers Dieu; il parlait du mal qui s'incruste partout:
"Et pourtant, disait-il, l'âme humaine belle et limpide est si agréable à Dieu! Les péchés crient vengeance au ciel. On ne peut forcer personne à agir selon les lois de Dieu, mais chaque humain a sa volonté libre et il répondra un jour de ses actes.
L'Eglise convie à l'observance des dix commandements de Dieu, à la fidélité à la conscience en toute action, car la conscience est la voix du Dieu vivant.
Aux parents, aux supérieurs, et à la patrie, on doit l'amour, l'obéissance et le sacrifice s'il le faut. Notre prochain, quel que soit son nom, est le libre enfant de Dieu, notre frère en Jésus-Christ. C'est pourquoi il faut respecter ses droits à la vie, à la propriété et à la dignité humaine. Ce terrible chaos que nous vivons est un châtiment mérité par tous ceux qui méprisent l'Evangile du Christ. Et si l'humanité ne veut pas reconnaître l'autorité de Dieu, il est sûr que le châtiment divin deviendra encore plus sévère"
Ce sermon, qui était aussi l'accusation du nationalcialisme allemand. de sa morale des races, provoqua la colère des personnes au pouvoir en Croatie. On menaça Mgr Stepinac d'emprisonnement.
Il n'en continuait pas moins d'élever la voix contre tous les crimes de la guerre, et cela chaque fois que l'occasion s'en présentait.
Face au communisme
Déjà bien avant que la Croatie ait succombé au pouvoir des idéologies matérialistes, Mgr Stepinac exposait aux fidèles les principes catholiques.
En août 1940, il rappelait déjà comment au cours des 1.300 ans du passé Croate, nombreux étaient ceux qui essayaient de tout dérober au peuple, de lui prendre petit à petit tout le pays; mais ajoutait-il, malgré tout, les Croates sont restés spirituellement riches car ils ont gardé leur sainte foi.
"Les principes de l'Eglise catholique ne peuvent pas être d'accord avec le communisme. D'abord parce que le but du communisme est la destruction de la religion: on veut arracher l'âme à son Dieu, de plus, la doctrine communiste réduit l'homme à la pauvreté sur terre car, n'ayant plus d'idéal religieux; l'homme perd aussi le sens de la patrie et de la vie d'ici-bas. La vie sans Dieu c'est l'enfer. Un proverbe du peuple Croate dit: "Si quelqu'un plante des citrouilles avec Satan, les citrouilles finissent par s'écraser sur sa tête." Le Christ Sauveur a dit de ne pas craindre ceux qui tuent le corps, car ils ne peuvent pas tuer l'âme mais il faut craindre celui qui peut faire tomber l'âme et le corps dans l'enfer."
Le 31 octobre 1943, l'Archevêque Stepinac exposa à Zagreb la position de l'Eglise catholique envers le communisme: "L'Eglise catholique a survécu à un grand nombre de régimes et d'Etats. Elle ne peut pas être d'accord avec le système qui veut prendre au paysan sa terre, à l'artisan sa maison, au particulier sa propriété gagnée à la sueur de son front, à l'ouvrier le fruit de son travail, et à tout homme son âme. On ne peut pas être d'accord avec le système qui refuse l'enseignement du catéchisme même aux petits enfants. Car, si le monde entier est fait par Dieu, comme il l'est, il faut le respecter dans toute la vie publique. Le monde n'est pas le fait d'un hasard, car le hasard est le dieu des fous."
Pour conclure une série de conférences spirituelles en mars 1943 à la jeunesse universitaire, Mgr Stepinac commençait par l'histoire de Diogène, le philosophe grec, qui marcha en plein jour à Athénes avec une lanterne et répondit à ceux qui lui demandaient ce qu'il cherchait: "Je cherche un homme!" Même les plus beaux programmes s'évanouissent si on ne sait pas humblement courber la tête devant le Créateur du monde. La responsabilité des jeunes n'a jamais été aussi grande qu'aujourd'hui. La société de jadis connaissait au moins le respect de la famille. La société nouvelle s'adore ellemême, jusque dans la puanteur où elle se roule en favorisant des rencontres d'accouplements comme des chiens , sans maîtrise de soi. La société de jadis reconnaissait au moins un certain droit aux hommes, la société moderne ne connaît que la force comme source de tout droit.