Tiempo después sufrió enormemente sin decirlo a nadie, pensando que se trataba de la próstata. Después de su muerte, la autopsia reveló que se trataba de un gran cálculo en las vías urinarias; los médicos no podían entender como había podido soportar tan intolerables dolores.
El 27 de febrero de 1957, el doctor Hauptmann le inyectó una nueva dosis de fósforo radioactivo que le había enviado de los Estados Unidos, el doctor Lawrence. Este último quería atender él mismo al Cardenal, pero la Embajada yugoeslava en París le negó la visa. Mientras tanto el mal de la pierna izquierda se había propagado a la pierna derecha.
En febrero de 1958, el Cardenal dijo al cura de Krasic: "Si no muero rápidamente, deberé sufrir aún más. Pero deberé ser paciente". El 23 de febrero, a la mañana, el cura le preguntó si había pasado una buena noche.
"Muy mala, le respondió, no crea que es un sufrimiento benigno. Ya he sufrido tanto en mi vida. Cuando se trataba de algo serio y doloroso yo decía: que Dios no te haga vivir esto.
No me quejo, pero es muy difícil de sobrellevar. Hoy ni siquiera puedo celebrar la Misa. Esta noche tuve que bajar 25 veces de mi cama... Usted no puede imaginar qué dolorosa es esta enfermedad. Pero que Dios me guarde de quejarme".
El 1 de marzo declaró: "No hay ninguna mejoría. El fin se acerca. Sólo un milagro de Dios podría prolongar mi vida. Pero no veo motivos para que Dios lo haga. ¡Qué venga a buscarme! Lo importante es que no nos hemos dejado agarrar y que no hemos cedido".
Sin embargo, a veces, su estado de salud sufría bruscas mejorías: después de haber sufrido mucho durante Semana Santa, aun continuó confesando a los fieles en la iglesia; en Pascuas se sintió muy bien y presidió la procesión alrededor de la iglesia, celebró la Misa al mediodía y predicó al igual que en la Misa de la tarde. Un día de abril del mismo año dijo: "Como podré agradecer a Dios por esta increíble mejoría que súbitamente he experimentado. Ninguna fatiga, ningún dolor. Sé que este estado no durará mucho tiempo... pero igual es extraño, hace meses que no me sentía también".
En mayo aumentó la trombosis de la pierna derecha. El Cardenal dijo al cura de Krasic que, sea lo que fuere lo que él pensaba o lo que pensaran los médicos, él sentía que no sobreviviría a ese año.
El 20 de mayo el dolor de la pierna se hizo insoportable. Al día siguiente, sintió trastornos en el corazón y los pulmones; el médico constató el brusco debilitamiento del corazón, una neumonía y la trombosis de la pierna derecha. La enfermedad se extendía más y más. Su corazón se debilitaba. Los dos Obispos Auxiliares de Zagreb, Mons. Salis y Mons. Lach, llegaron urgentemente. Esta vez el Gobierno no sólo les permitió el acceso a Krasic, sino que también los alentó a ir, pues la noticia de que el Cardenal agonizaba se había propagado rápidamente.
La Prensa alerta
Sólo por esta vez, el diario oficialista Vjesnik publicó una nota discreta y sin groserías sobre el estado de salud del Cardenal.
La opinión mundial seguía de cerca, con inquietud, todo lo que concernía al Cardenal.
Pero el 30 de mayo, los médicos constataron una brusca mejora y el 2 de junio, el cura de Krasic llevó ante el Cardenal a los pequeños niños del pueblo, que él tanto amaba, y a quienes en esa oportunidad habló largo tiempo.
Por el contrario el 9 de junio el Cardenal declaró al cura que nunca se había sentido tan débil, que nunca en su vida había sufrido tanto. Pero no se quejaba. Al día siguiente, el Cardenal le dijo que se moría lentamente.
El 12 de junio comenzó nuevamente a dormir en forma normal y a tener apetito; se sentía mejor. El 17 de junio pasó todo el día orando.
El 19 de junio celebró la Misa en su habitación, vestido como correspondía.
El 24, día del aniversario de su consagración episcopal, el doctor Reisner declaró:
"Según la medicina Su Eminencia está a punto de morir. ¿Cómo puede continuar aún vivo? Para mi es un misterio. Pudo bajar al jardín y se sintió feliz de comulgar de nuevo con la naturaleza".
Mons. Stepinac recibió con gran alegría la noticia que le traía el Arzobispo Coadjutor, Mons. Seper, a su regreso de Roma: el Santo Padre aprobaba enteramente su conducta.
Pero como consecuencia de la trombosis de la pierna derecha, el Cardenal tuvo que ser operado el 9 de julio. El Santo Padre le envió un telegrama en esta ocasión.
A mediados de julio su estado de salud comenzó a mejorar, y pudo celebrar Misa en su habitación hasta agosto. Bajó también algunas veces para hablar con los niños.
Mitigada la trombosis, nuevamente comenzó a sufrir enormemente de las vías urinarias. En agosto de 1959, le dijo al cura que su vida se aproximaba al fin, a pesar de los cuidados médicos, y esto ocurría principalmente porque el Cardenal continuaba siempre en detención: "no puedo moverme libremente, entonces ¿cómo tener buena salud?"
Su mayor alegría era encontrarse con los niños, al igual que con el pueblo que venía todavía a visitarlo.