Este proceso, que fue una verdadera parodia de justicia, fue llamado por Pío XII "Tristissimo processo".

Muchos sacerdotes, al igual que otros antiguos dignatarios del Estado Croata Independiente, fueron juzgados al mismo tiempo que Mons. Stepinac. Todos estaban acusados de colaboración y traición. Cada uno de estos procesos particulares había sido preparado de tal manera que el nombre del Arzobispo fue implicado y apareció en todos... Así, intentaban esconder la verdadera razón que había incitado al Partido Comunista a realizar "el proceso" contra Mons. Stepinac: su carta a los fieles de septiembre de 1945.

El proceso comenzó el 30 de septiembre de 1946. La entrada al Tribunal no era libre: Sólo podían entrar los invitados del OZN-a. Esto demuestra que el público fue cuidadosamente elegido para jugar un rol psicológico importante y tendencioso en el desarrollo del proceso. Hasta el 7 de octubre, el procurador general había hablado ya cuarenta y ocho horas, mientras que los abogados de la defensa habían tenido tantas dificultades para que se les concediera la palabra, que sólo habían hablado una veintena de minutos. La policía vigilaba que no se tomaran notas y confiscaba las que se hubieran tomado. Las actas del proceso publicadas por la prensa no correspondían a la realidad de lo que el público escuchaba en la sala; los lectores recibían una imagen deformada de lo que en verdad ocurría. A veces, para fatigar cuanto fuera posible a los acusados y desalentar a sus abogados, quienes no habían tenido tiempo para estudiar a fondo los expedientes para preparar la defensa, la audiencia duraba desde las 8 de la mañana hasta las 20 o 21 horas de la noche.

Los principales puntos de la acusación eran el colaboracionismo, la traición al régimen, al igual que el terrorismo y la presión sobre la población ortodoxa para hacerlos convertirse al catolicismo. Sin embargo, todo el mundo sabía lo contrario...

Uno de los testigos de la defensa, Kvaternik, declaró que el régimen de Pavelic no quería para nada a Mons.

Stepinac porque justamente este último, luchaba contra toda forma de presión precitada, y porque salvaba vidas humanas, con prescindencia de que fueran o no ortodoxos. La prensa no hizo mención de este testimonio...

A lo largo de todo el proceso, el presidente del Tribunal y el procurador de la República no dejaron de proferir todo tipo de injurias contra el acusado. Mons. Stepinac respondía con su silencio. Sin embargo, Monseñor Stepinac pensaba que sobre algunos puntos debía dar algunas precisiones. Al principio del proceso, pidió una vez la palabra, pero el presidente le denegó el derecho. Pero, cuando le fue posible, dijo que su conciencia estaba limpia de todo lo que se le reprochaba. Su conducta era tranquila, marcada por el dominio de sí y de sus palabras. Para él, el tiempo del proceso formaba parte del sacrificio por la Iglesia.

A veces, durante el desarrollo del proceso, hacían aparecer supuestas "pruebas" escritas por Mons. Stepinac, que este último no reconocía en absoluto. Esta ignorancia demostraba, una vez más, que este proceso era una farsa total.

Declaración de Mons. Stepinac ante el Tribunal (3 de octubre de 1946)

"A todas las acusaciones en mi contra, respondo que mi conciencia está tranquila, incluso si esto hace reír al auditorio. No tengo la intención, ni de defenderme ni de apelar contra vuestro veredicto. Por mis convicciones, que emanan de una conciencia en paz, soy capaz de soportar las burlas, el desprecio y la humillación, estoy listo incluso, a morir en cualquier instante.

Se ha repetido aquí cientos de veces: "acusado Stepinac". Pero nadie es tan inocente al punto de no comprender que detrás de este "acusado Stepinac", se encuentra sentado en el banco de los acusados el Arzobispo de Zagreb, representante de la Iglesia Católica en Yugoslavia. Tanta veces ustedes mismos han apelado al clero, aquí presente, para que manifieste la culpabilidad de Stepinac en lo que concierne a la actitud del pueblo y del clero. Pues Stepinac, por sí mismo, no puede tener tanta influencia, se trata entonces del Arzobispo.

Hace diecisiete meses que soy atacado en público y a través de la prensa; desde hace doce meses estoy internado en mi residencia episcopal.

Conversión de los ortodoxos

Se me acusa de haber rebautizado a serbios ortodoxos. El término en sí ya es falso, porque quien ha sido bautizado una vez no necesita ser nuevamente bautizado.

Se trata del paso a otra confesión. No entraré en detalles, pero declaro que mi conciencia está tranquila y que un día la historia juzgará. Es verdad que me vi obligado a convertir a los curas a los que los ortodoxos amenazaban de muerte porque retardaban las conversiones al catolicismo, y los serbios querían matarlos. Pero, también es exacto que, durante los años de guerra, la Iglesia conoció no pocas dificultades en su intento de ayudar al pueblo serbio.

El Señor Presidente me ha mostrado el documento, testimoniando que he reclamado el monasterio ortodoxo deshabitado, que era al principio, propiedad de nuestra orden de Paulinos, situado en Orahovica. Yo quería instalar allí a los Trapenses expulsados por los alemanes de Rajhenburg. Considero que era mi deber ayudar a nuestros hermanos eslovenos, a quienes los soldados de Hitler habían obligado a exiliarse.