Le Gouvernement yougoslave essayait de séparer les catholiques de Rome et du Saint-Père: "puisque nous avons rompu avec Moscou, disaient-ils, faites de même avec Rome. Dans ce but, on fondait officiellement, en Slovénie, une Commission pour les questions religieuses qui publiait un Bulletin. D'autres initiatives du même genre suivirent, toujours dans le but de séparer les prêtres, des Evêques et de Rome. L'Episcopat yougoslave fut obligé de riposter par un "non expedit" et de donner ainsi ouvertement son désaccord. La presse communiste riposta violemment. Depuis, certains prêtres furent condamnés à des années de prison; la liberté leur était promise au prix de l'adoption des idées de l'Etat sur l'Eglise, et de la rupture avec Rome, ou encore au prix d'un modus vivendi dans le style communiste. Des prêtres ont subi de véritables pressions physiques.
Ce n'est qu'en 1952 que Mgr Stepinac prit vraiment connaissance de la situation. Sa détention l'avait enfermé en champ clos. Mais à Krasic, il découvrit vite les véritables intentions du Gouvernement et le but de ses initiatives. Il fit alors son possible pour encourager les prêtres à résister car les promesses de l'Etat aux prêtres se multipliaient, spécialement en ce qui concernait la Sécurité sociale.
Le Gouvernement yougoslave voulait à tout prix obtenir la rupture des catholiques d'avec Rome et fonder une Eglise nationale.
L'Archevêque comparait cet état de choses avec celui de la Révolution française et à la situation des prêtres en ce temps-là ; c'est la même chose, disait-il, ce qui a changé, ce sont les noms et les dates. Pour ranimer la conscience catholique, Stepinac expliquait la grandeur de l'Eglise à travers son histoire, dans la fidélité au Pontife Romain.
Les Evêques, en raison de leur position énergique à l'égard de toutes ces sortes d'Associations où on entraînait les prêtres, ont été, à tour de rôle, maintes fois interrogés par UDBA. Deux Evêques ont été envoyés à l'armée, d'autres ont été maltraités et battus jusqu'à la mort. On emprisonnait les prêtres, les accusant injustement d'actes dont ils n'avaient pas entendu parler. La presse aussi s'attaquait aux Evêques. On augmentait les impôts des prêtres, on leur infligeait des amendes, on les mettait en prison. L'année 1953, tout entière, fut marquée par ces violences.
A Krasic, les communistes préparaient une attaque contre le presbytère, essayant d'entraîner les gens au meeting qui devait avoir lieu à l'heure de la Messe du dimanche. A part quelques cris contre le Pape, les fidèles boycottèrent le meeting et vinrent très nombreux à la Messe, disant à Monseigneur que s'il y avait une attaque, ils le défendraient.
II voit clair!
Mgr Stepinac dans sa retraite, voyait la situation avec clairvoyance. C'était clair: les communistes voulaient la rupture avec Rome et ensuite ils feraient pression sur les gens pour qu'ils passent à l'orthodoxie. Ainsi le peuple croate disparaîtrait." Mais, disait-il, si les tendances Grande Serbie et le communisme sont unis, ils ne comptent pas par rapport au facteur principal qui est Dieu."
Le 1er novembre 1951, le Gouvernement yougoslave protesta auprès du Saint-Père, parce que la Nonciature Apostolique à Belgrade avait donné des consignes pour la Conférence des Evêques qui devait se tenir à Zagreb, du 22 au 25 septembre 1952, consignes relatives à l'Association des.prêtres créée par le Gouvernement, dans le but de lier le plus possible les prêtres au Parti.
Face à la faiblesse de certains, l'Archevêque continuait de vive voix et par écrit à encourager les prêtres à être fidèles et à ne pas succomber aux promesses du Gouvernement qui essayait de les attirer dans l'Association des Saints Cyrille et Méthode. Car, disait- il, les Saints Cyrille et Méthode n'ont rien à voir avec ce triste état de choses celui qui ne respecte pas Dieu ne peut pas désirer le bien pour un prêtre catholique.
Il continuait à encourager les prêtres à qui on avait confisqué tous leurs biens. "Celui qui nourrit les moineaux et habille les fleurs des champs ne vous oubliera pas. Tous les prêtres honnêtes souffrent le même martyre; il en est de même pour le curé de Krasic. Mais il vaut mieux respecter la parole d'honneur donnée à Dieu et à son Eglise, que de toucher les écus de Judas. "
En 1954, on le prévint que des prêtres de Slovénie qui avaient accepté d'être les "prêtres du peuple" et de se remettre ainsi entre les mains des communistes, avaient eu une grande augmentation d'impôts.
"C'est ce que je répète inlassablement, disait-il, d'abord ils les attirent par de belles promesses, c'est la première étape; maintenant on continue à les opprimer pour qu'ils cèdent sur d'autres points; et ainsi ils iront jusqu'à la dernière étape: la rupture avec Rome. Après, ils seront quoi? Une branche pourrie et périssable."
A quelques Evêques, il écrivait de ne pas céder aux intentions du Gouvernement de briser ainsi l'Eglise. Mieux vaut excommunier les prêtres qui se laissent attirer par ces promesses et ainsi couper la branche pourrie de l'arbre. Le peuple ne suivra que la voix de la vraie Eglise du Christ, et non pas celle des traîtres.
Le Pouvoir fermait les séminaires:
"Mieux vaut qu'ils restent fermés plutôt que de tomber entre les mains des agents du Gouvernement et devenir ainsi des nids d'athéisme", disait Mgr Stepinac.