El lunes 8 de febrero, sufría terriblemente, casi sin poder hablar. En la mañana del martes 9 él confesó haber pasado la noche más penosa de toda su vida. "Si los médicos vienen, no podrán hacer nada por mí...". Desde entonces, siempre hubo alguien de la casa en su habitación.

Su sufrimiento no conocía calma. Poco después de medianoche, pidió que le cambiaran la sábana; él no podía hacerlo solo y presentía, aparentemente, lo que le esperaba al otro día. La enfermedad progresaba rápidamente.

El 10 de febrero de 1960, un miércoles, estaba acostado sufriendo mucho. Tenía continuamente los ojos fijos sobre la imagen de la Santa Virgen.

Rechazó la inyección que el cura quería darle: "¿Para qué?, dijo el Cardenal, vale más ocuparse de lo esencial". Luego se confesó y pidió al cura que le administrara los últimos Sacramentos, el Viático y la Bendición papal.

Las personas presentes se arrodillaron alrededor de la cama rezando, porque nadie dudaba que era el fin. El Cardenal también lo sabía. Súbitamente, después de haber recibido los Sacramentos, se sintió mucho mejor y pudo incluso hablar en voz alta. Su hermana Josina lloraba. El Cardenal la confortaba, luego la envió, riendo, a preparar el desayuno para su marido y para ella. Su marido, que su hermano Aloysius le había hecho conocer hacía cuarenta años.

Al mediodía, el agotamiento lo invadió de nuevo. Llamaron de urgencia a los médicos de Zagreb: "Salúndenlos sinceramente de mi parte, dijo el Cardenal, no volveré a verlos". Luego dijo cinco veces "Deo gratias". Hacía las 14 hs., las Hermanas comenzaron a rezar el rosario en su cabecera. El Cardenal hacía esfuerzos por acompañarlas, pero su respiración se hacía cada vez más difícil. Fuertes contracciones lo sacudían. Buscaba el aire con mucha dificultad...

Luego dijo un gran suspiro: "Ah..., que difícil es... Que el nombre de Dios sea bendecido... Fiat voluntas tua". No dejaba de mirar la imagen de María. A las 14 hs., pidió que le pasaran la vela encendida que había preparado y bendecido el 2 de febrero, vela que era el símbolo de la luz de la Fe por la cual él había luchado hasta el final. Sus últimas palabras fueron:

FIAT VOLUNTAS TUA.

Luego, después de tres o cuatro suspiros dolorosos, Aloysius Stepinac, Cardenal de la Santa Iglesia Romana, entregó su espíritu. Desde que se conoció la noticia de la muerte del Cardenal, todo el pueblo de Krasic, llorando, fue espontáneamente a rezar a la Iglesia. El Papa, Juan XXIII envió un telegrama de condolencias y de simpatía al Arzobispo Coadjutor de Zagreb. En Zagreb, las grandes campanas de todas las iglesias comenzaron a repicar para anunciar la muerte del Cardenal Stepinac.

Ante la negativa del Gobierno de enterrar el cuerpo en Zagreb, se hicieron preparativos para una sepultura en la Iglesia de Krasic, donde él pasaba horas y horas rezando ante el altar.

Con el objeto de practicarle la autopsia y los procedimientos de momificación, los restos mortales del Cardenal fueron en principio llevados al Hospital de Zagreb. Al día siguiente, el cuerpo fue llevado nuevamente a Krasic donde fue expuesto en la iglesia parroquial.

Pero, para sorpresa general, el 12 de febrero, el Gobierno aceptó súbitamente que fuera enterrado en la Catedral de Zagreb. Esta reacción fue tan sorprendente que Mons. Seper, Arzobispo Coadjutor vio en eso el primer milagro del Cardenal. Un norteamericano que asistió a la partida del cortejo mortal del Cardenal para Zagreb, declaró: "Nunca en mi vida he visto algo como esto. La gente acudía de todos lados, de los campos, de las casas, de los viñedos, para acompañarlo en su última partida".

La escultora Mila Vod, tomó como lo hemos dicho, la impronta mortal del rostro del Cardenal.

Durante todo este tiempo, desde la muerte del Cardenal, por todos lados se veían militares armados: podría decirse que se trataba de una movilización general en los alrededores de Krasic. En Zagreb, todos los fieles esperaban la caravana, llorando y rezando. Cuando se abrió el féretro en la Catedral, todos pudieron ver el rostro apacible y claro del Cardenal y espontáneamente le suplicaban: "Rogad por nosotros".

La Catedral permaneció abierta toda la noche y estuvo continuamente llena de gente. El día de sus funerales, el 13 de febrero de 1960, la Catedral estaba colmada, pero la policía no dejaba entrar a la gente de Krasic, ni siquiera a los miembros de la familia del Cardenal que residían allí.

Mons. Seper resumió en su elogio fúnebre, la vida del Cardenal, pasando revista a sus diferentes períodos y señalando que era imposible decir en tan poco tiempo todo lo bueno que debía decirse de él. Leyó también algunos párrafos del Testamento espiritual de Mons. Stepinac.

Después del Oficio, el féretro fue colocado por los seminaristas de Zagreb en la cripta, detrás del altar principal.