La reacción del gobierno ustachista asustado por el discurso pronunciado por el Arzobispo el 31 de octubre de 1943, al final de la Procesión del Perdón, indica claramente cómo fue recibido este discurso en el seno del gobierno y hasta qué punto la actividad del Arzobispo irritaba a las autoridades ustachistas. Un miembro del gobierno ustachista, el presunto ministro Dr. Julije Makanec, publicó el 7 de noviembre de 1943 en el diario ustachista "Hrvatski Narod" (El Pueblo Croata), un artículo en el que atacaba violentamente al Arzobispo Stepinac, y esforzándose por ridiculizarlo le advertía que no debía intervenir en los asuntos políticos. Ahora bien, la actividad política del Arzobispo estaba centrada en la condena de las violencias ustachistas.

Se reprocha al Arzobispo haber asistido el 23 de febrero de 1942 en la Iglesia de San Marcos, a la ceremonia de bendición en ocasión de celebrarse la sesión de apertura del "Hrvatski Sabor" (Parlamento de Croacia). Hemos escuchado a un testigo declarar que tuvieron que hacerse grandes esfuerzos para persuadir al Arzobispo de asistir a esta ceremonia religiosa. Se ha dado lectura aquí sólo a una parte de su discurso en esa ceremonia, pero no se ha leído la parte principal, que revela las verdaderas intenciones del Arzobispo: "Deseo que el Sabor vote leyes honestas que no contradigan la ley divina, a fin de obtener la bendición del Creador ... y que promulgue leyes justas, a fin de que los deberes y los derechos sean iguales para todos. Deseo que vote leyes razonables, para que el pueblo no sea aplastado por impuestos insoportables, y que el Juez Eterno, que dirige los destinos del mundo con poderosa mano, inculque en el espíritu del Sabor croata y en el corazón de todos sus colaboradores un profundo sentido de responsabilidad, para que yo pueda ayudarlos eficazmente a vosotros que estáis a la cabeza del Estado Independiente de Croacia, en la obra de reconstrucción y edificación de nuestro querido país, fundado en los principios cristianos del Evangelio".

En esta ocasión, era imposible que el Arzobispo evitara hablar de Pavelic como jefe del Estado Independiente de Croacia, pero al desearle éxito no dejó de remarcar las leyes deshonestas e injustas puestas en vigencia por el régimen y el debilitado sentido de la responsabilidad imperante. Pavelic comprendió tan bien este discurso que poco después, haciendo alusión a Stepinac, dijo con irritación a su Ayuda de Campo: "Este imbécil pretende darme lecciones de política". Dos testigos ya escuchados por el Tribunal han confirmado estas palabras pronunciadas por Pavelic. Según la misma declaración de estos dos testigos, las relaciones entre el Arzobispo y Pavelic, que hasta entonces eran malas, empeoraron aún más. Debo igualmente señalar que este "Sabor" no tenía pasado propio, de suerte que el Arzobispo no tenía razones para hacerle reproches. Sus miembros no habían sido elegidos por el pueblo sino nombrados por Pavelic y por esta razón no se trataba de una Asamblea de Estado. Sin embargo esta supuesta Asamblea podía tener un futuro positivo. A pesar de su composición, conformaba parcialmente las esperanzas de los espíritus bien intencionados. Pero comenzó a formarse en su seno una fuerte oposición, lo que condujo a Pavelic, después de una corta sesión, a no convocarla más. Una de las causas de la actitud de Pavelic fue la interpelación pedida por dos miembros de la Asamblea, el Dr. V. Prebeg y el Dr. Ljubic, de Banja Luka, quienes exigieron una explicación sobre el arresto del Dr. Macek, jefe del Partido Campesino Croata. Debo señalar igualmente que el Arzobispo había prohibido a cuatro sacerdotes, que habían sido nombrados miembros de esta Asamblea, que asumieran estas funciones. Una carta del Arzobispo Stepinac, fechada 8 de febrero de 1942, que he puesto a disposición del Tribunal comprueba lo que afirmo. Se leyó aquí la carta dirigida por el Arzobispo a Pavelic referida al nuevo plan de persecución a los judíos. En ella Stepinac asumía la defensa de los israelitas, los ortodoxos, y de todos los perseguidos. Reprochaba abiertamente a Pavelic perseguir a los católicos casados con mujeres de origen israelita, justamente él, que no aplicaba la presunta ley aria en sí mismo ni para ciertos miembros de su gobierno. En efecto, la mujer de Pavelic y la de su ministro Zanic eran israelitas. En la misma carta, aludiendo directamente a los alemanes, el Arzobispo afirmaba: "Si a este respecto se trata de la intromisión de una autoridad extranjera en nuestra política interior, entonces no temo que mi protesta llegue al conocimiento de los órganos de esta autoridad. La Iglesia Católica no teme a ningún poder terrestre cuando se trata de defender los más elementales derechos del hombre.